El edificio que actualmente ocupa el Centro Cultural de España, construido a principios del siglo XX, fue anteriormente la sede del establecimiento comercial Casa Mojana –que funcionó como ferretería, vidriería, pinturería, cerrajería, papelería y bazar.
En la década de los 80 el edificio pasó a manos del gobierno uruguayo. En 1996 fue declarado Monumento Histórico Nacional por la comisión del Patrimonio Cultural de la Nación. Ese mismo año fue otorgado en régimen de Comodato a la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo (AECID) por un periodo de treinta años tácitamente renovable. El Estado uruguayo ofrece a la AECID una sede adecuada para la instalación del Centro Cultural de España y la AECID se compromete a llevar a cabo la restauración integral del espacio y a dotarlo del equipamiento necesario para abrir un centro perteneciente a la Red de Centros Culturales de España en Iberoamérica.
Las obras se desarrollaron entre mayo de 2001 y marzo de 2003. Estuvieron a cargo del Ministerio de Transporte y Obras Públicas (Dirección Nacional de Arquitectura – Sección Obras VI), teniendo como representante al Arq. Gustavo Prenol; el proyecto y dirección fueron del Arq. Rafael Lorente Mourelle.
El edificio actual consta de un subsuelo, planta baja y tres niveles elevados, con una superficie total de aproximadamente tres mil metros cuadrados construidos. La distribución de los diferentes espacios es la siguiente:
En el subsuelo, se encuentra una sala de exposiciones y un auditorio con capacidad para alrededor de 150 personas.
En la planta baja, recepción, estacionamiento para bicicletas y una sala de exposiciones de 230 metros cuadrados.
En el primer piso, se ubican un aula, la cafetería y la Mediateca que cuenta con espacios diferenciados para la lectura de libros, un rincón infantil y juvenil, computadoras con acceso a internet y revistas.
En el segundo piso, se encuentran dos aulas, salas de reuniones y un espacio colaborativo.
En el tercer piso, se encuentran las oficinas y espacios de trabajo.
Finalmente, en el cuarto piso, además de la azotea, se dispone de un espacio multiuso.